Nagroda Naukowa Miasta Gdańska im. Jana Heweliusza za wybitne osiągnięcia naukowe została ustanowiona przez Radę Miasta w 1987 roku z inicjatywy i na wniosek ówczesnego Przewodniczącego Oddziału PAN w Gdańsku – prof. Roberta Szewalskiego. Nagroda ta przyznawana jest corocznie, ciesząc się prestiżem i uznaniem w lokalnym środowisku naukowym.
Począwszy od 2001 roku, laureaci wyłaniani są w dwóch kategoriach: nauk ścisłych i przyrodniczych oraz nauk humanistycznych i społecznych. Zgodnie z regulaminem Nagrodę przyznaje Prezydent Miasta na wniosek Kapituły Nagrody, która decyduje o wyborze laureatów.
Uroczystość wręczenia Nagrody odbywa się rokrocznie 28 stycznia w rocznicę urodzin Jana Heweliusza.